友好学校美国纽约博立（Ploy Prep）高中校长David Harman先生率领该校3名教师和13名学生，于3月28日——4月3日对我校进行为期一周的友好访问。其间他们参观了金中校史馆、河西分校，走进课堂听课，了解中国文化，参加学校的升国旗仪式等，促进了两校师生之间的友谊。

在2006—2007年度中国高中女篮耐克杯联赛中，我校女子篮球队首先代表江苏省中学生，以全胜战绩又一次荣获南方赛区冠军；接着在南北交叉赛中，以绝对优势淘汰了石家庄二中，闯进了总决赛；4月2日在金陵中学篮球馆，又以76：70的成绩战胜了上届冠军队——河北辛集一中。本月下旬我校女篮将前往河北客场挑战对手。

我校2006年与东南大学合作，举办“东南大学、金陵中学理工科基地班”。2007年与南京大学合作，举办“南京大学、金陵中学理科基地班”及“金陵中学数学实验班”。

2007年3月，我校崔卫国老师在“江苏省中学物理青年教师大赛”中荣获高中组一等奖。

在2007年3月举行的“恒源祥文学之星”第二届中国中学生作文大赛中，我校高二（3）班杨璋的《心灵的原色》、初三（2）班陈敏轩的《偶尔停下来》获全国一等奖、江苏赛区特等奖，其中杨璋同学将于4月下旬代表江苏赴京参加全国总决赛。

在2006年12月的全国信息学比赛中，我校获优异成绩，其中初中组8人获一等奖，高中组8人获一等奖且均获保送高校的资格。

在2007年全国中学生英语能力竞赛中，我校学生成绩喜人，10名同学获全国一等奖，占全市一等奖总人数的三分之一。其中，沈頔阳同学得140分，全市第一名，全市前五名中我校有四名。

2006年10月，学校组织学生参加第十五届南京市创新大赛，共有18人次获奖，金陵中学获“优秀组织奖”。

在南京市第二十九届学生运动会上,我校近百名运动员参加了群体表演类、群体竞技类、田径类各项比赛。高一健身操队荣获群体项目展演奖。高二（13）班获高中竞技组团体总分第一名。田径比赛中我校得11块金牌，获高中团体总分第一名。我校代表团获优秀组织奖。