南京市金陵中学前身为1888年由美国美以美（methodism）会创建的汇文书院。汇文书院是南京的第一所高等学府，英文名为Nanking University。1892年汇文书院始设大学堂、高等学堂、中学堂、小学堂，中学堂称成美馆。
1910年汇文书院与宏育书院（由益智书院、基督书院合并而成）合并为金陵大学，汇文书院的中学部博学馆，遂更名为金陵大学附属中学，简称金大附中、金陵中学。1937年抗日战争爆发后，西迁四川的师生先后创办了万县金陵中学及驻蓉分班；留守南京的师生们先后办起金陵补习学校、鼓楼中学、同伦中学和南京金陵中学。抗日战争胜利后，1946年，西迁四川万县的师生回宁，与南京金陵中学合并，仍名为金陵大学附属中学。
1951年金大附中与金陵女子文理学院附中合并，成立南京市第十中学。
1988年4月，经南京市人民政府批准，学校又更名为南京市金陵中学。
2003年9月，金陵中学与南京市河西开发指挥部合作创办了金陵中学河西分校。
2008年9月，金陵中学与鼓楼区教育局合作创办了南京金陵汇文学校，与建邺区教育局合作创办了金陵中学实验小学。同年，在校本部创办了“国际部”。
2012年9月，金陵中学与栖霞区教育局、南京大学合作创办了金陵中学仙林分校（小学部）。2014年9月，创办的金陵中学仙林分校（初中部）也将正式开学。
金陵中学与南京市政府合作的金陵中学岱山分校正在筹建中。同时，学校还将与六合区教育局合作创办金陵中学龙湖分校。
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